Esta Skill implementa una lista de verificación previa (preflight) concisa adaptada a pipelines basados en Nextflow. Guía a los usuarios a través de los pa…
Esta Skill implementa una lista de verificación previa (preflight) concisa adaptada a pipelines basados en Nextflow. Guía a los usuarios a través de los pasos esenciales: adquisición de datos (incluidas fuentes GEO/SRA), realización de una comprobación de entorno obligatoria, selección del pipeline (con confirmación del usuario), ejecución de un perfil de prueba requerido, creación de un samplesheet, configuración y ejecución del workflow (confirmando genoma/especie con el usuario) y verificación de las salidas. Úsala como una puerta reproducible previa a la ejecución para detectar problemas de configuración, validar entradas y aplicar controles de calidad antes de ejecuciones grandes o en producción. Las características clave incluyen puntos de control explícitos que DEBEN superarse (MUST), avisos de confirmación al usuario, orientación para el samplesheet y pasos de verificación post-ejecución. Ideal para ingenieros de bioinformática, mantenedores de pipelines y laboratorios que buscan estandarizar procedimientos previos a la ejecución, reducir ejecuciones fallidas e integrar validación en automatizaciones autoalojadas y flujos de trabajo CI.
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